עבודה ללא מים עלולה לחמם ולפגוע באטמים ובחלקים פנימיים של משאבה. הסיכון קיים כאשר מקור המים מתרוקן, קו היניקה דולף, מסנן נסתם או שהמשאבה מאבדת את המילוי הראשוני.
הגנה יכולה להתבסס על מצוף, חיישן מפלס, בקר זרימה או בקר לחץ עם זיהוי חוסר מים. בוחרים את הפתרון לפי סוג המשאבה, אופן ההתקנה ומקור המים. חשוב לוודא שהבקר מתאים למתח, לזרם וללחץ של המערכת.
גם עם הגנה אוטומטית בודקים מסננים, אטימות חיבורים ומפלס מים באופן תקופתי. לאחר הפסקה עקב חוסר מים מאתרים את הסיבה לפני איפוס. חיבור חשמלי או שינוי בלוח הבקרה מבצע גורם מוסמך בלבד.
