תחזוקת מכל מתחילה במכסה סגור, פתחי אוורור מוגנים וסביבה נקייה. בודקים באופן תקופתי סדקים, שינוי צורה, נזילות, חדירת אור, לכלוך ומשקעים. מכל פגום או לא מאושר אינו מתאים לאחסון מי שתייה.
תדירות ניקוי וחיטוי נקבעת לפי הייעוד, איכות המים והוראות היצרן. משתמשים רק בחומרים ובשיטה שמתאימים למכל ולמים המאוחסנים, שוטפים כנדרש ומונעים כניסה למכל בלי נוהל וציוד לעבודה בחלל מוקף.
בודקים מצוף, ברזים, אטמים, צינור גלישה ובסיס. שומרים את סביבת המכל נקייה ומונעים הצטברות מים עומדים. שינוי בריח, בטעם או במראה המים מחייב הפסקת שימוש ובירור מקצועי של מקור הבעיה.
